La colección arqueológica de Na Bolom en su mayoría son materiales de campo recuperados de sitios arqueológicos por Frans Blom y sus colaboradores. El arqueólogo trabajó temporadas de prospección y excavación en diversos sitios de la Selva Lacandona, Región norte de Chiapas y la región de los Altos de Chiapas. En los Altos cabe resaltar la importancia del sitio Moxviquil centro arqueológico del valle de San Cristóbal de Las Casas, intervenido por Frans Blom en 1952 y 1953.
Algunos de los objetos aquí expuestos fueron donaciones: de piezas arqueológicas que en cierto momento le hicieron llegar a Frans Blom, dado que él trabajó el área maya, realizó el primer montaje en los 50’s y abrió el museo al público. En esta colección se pueden observar objetos de las tres culturas principales del estado de Chiapas: Maya, Zoque y Chiapaneca.
